Com o intuito de aprimorar patrimônio genético do Haras, em 2007, a Fazenda São Francisco inaugurou a sua Central de Reprodução, que se especializou na transferência de embriões, no congelamento de sêmen, inseminação com sêmen resfriado e congelado, além de outros serviços para reprodução eqüina.

Para tanto, foi montada uma moderna estrutura, que disponibiliza todos os equipamentos necessários e diversas éguas receptoras criteriosamente selecionadas, garantindo um alto índice de resultado. A Central de Reprodução está sob a responsabilidade de uma equipe de veterinários qualificados, que tanto trabalha o plantel interno, como animais de terceiros.

No seu primeiro ano de funcionamento, a Central de Reprodução obteve o êxito de 53 embriões transferidos, que equivalem a 69,4% recuperação de embriões e 66,2% de prenhezes aos 60 dias.